Tout savoir sur le microbiote intestinal : le guide complet

On parle beaucoup du microbiote intestinal, parfois comme d’un concept à la mode, parfois comme d’un “second cerveau”. Mais derrière ce mot un peu abstrait se cache une réalité biologique fascinante : le microbiote intestinal est un acteur central de notre santé globale.

Digestion, immunité, énergie, humeur, métabolisme…le microbiote influence bien plus que le transit. Et surtout, il n’est pas figé : il évolue chaque jour en fonction de notre alimentation et de notre mode de vie.

Comprendre le microbiote, c’est reprendre la main sur une partie essentielle de son équilibre interne.

Qu’est-ce que le microbiote intestinal ?

Le microbiote intestinal désigne l’ensemble des micro-organismes (bactéries, levures, virus, champignons) qui vivent dans notre tube digestif, principalement dans le côlon.

On estime qu’il contient plusieurs milliers de milliards de micro-organismes, représentant un poids total d’environ 1 à 2 kg. Chaque individu possède un microbiote unique, influencé par :

• la naissance (voie basse ou césarienne)
• l’alimentation dès l’enfance
• l’environnement
• les traitements médicamenteux
• le stress et le rythme de vie

Le microbiote n’est pas un intrus : il fait partie intégrante de notre physiologie.

À quoi sert le microbiote intestinal ?

Le microbiote est aujourd’hui considéré comme un organe métabolique à part entière.

Il joue un rôle clé dans la digestion, en particulier celle des fibres alimentaires que notre organisme est incapable de dégrader seul.

En fermentant ces fibres, le microbiote produit des acides gras à chaîne courte (comme le butyrate), essentiels à la santé de la muqueuse intestinale et à la régulation de l’inflammation (1)(2).

Il participe également :

• à la régulation de l’immunité (près de 70 % des cellules immunitaires se situent dans l’intestin)
• à la protection contre les agents pathogènes
• à la synthèse de certaines vitamines
• à la régulation de la glycémie et du métabolisme
• à la communication avec le cerveau via l’axe intestin–cerveau

Un microbiote équilibré est un microbiote diversifié, actif et nourri.

Microbiote et santé globale : des liens désormais bien établis

Les recherches scientifiques montrent qu’un déséquilibre du microbiote, appelé dysbiose, est associé à de nombreux troubles :

• troubles digestifs (ballonnements, constipation, inconfort)
• inflammation chronique de bas grade
• troubles métaboliques (prise de poids, résistance à l’insuline)
• fragilité immunitaire
• troubles de l’humeur et du sommeil (3)(4)

Le microbiote agit donc comme un chef d’orchestre silencieux : lorsqu’il est déséquilibré, tout le système peut se dérégler.

Comment le microbiote se déséquilibre-t-il ?

La dysbiose ne survient pas du jour au lendemain. Elle s’installe progressivement sous l’effet de plusieurs facteurs, souvent combinés :

• une alimentation pauvre en fibres
• une consommation excessive de produits ultra-transformés
• des pics glycémiques répétés
• un stress chronique
• un manque de sommeil
• la prise répétée d’antibiotiques ou d’anti-inflammatoires

Le facteur le plus déterminant reste l’alimentation quotidienne.

Le rôle fondamental de l’alimentation sur le microbiote

Le microbiote se nourrit littéralement de ce que nous mangeons. Sans carburant adapté, les bactéries bénéfiques diminuent, laissant la place à des espèces moins favorables.

Les études montrent que les régimes riches en végétaux, fibres et aliments peu transformés favorisent une plus grande diversité bactérienne, associée à une meilleure santé métabolique (5).

À l’inverse, une alimentation pauvre en fibres entraîne une diminution rapide de cette diversité, parfois en quelques jours seulement (6).

Fibres, prébiotiques et microbiote : le trio gagnant

Les fibres alimentaires, et en particulier les fibres fermentescibles (prébiotiques), sont le principal carburant du microbiote.

Elles permettent :

• la croissance des bactéries bénéfiques
• la production d’acides gras à chaîne courte
• le renforcement de la barrière intestinale
• la réduction de l’inflammation

Toutes les fibres ne sont pas prébiotiques, mais de nombreuses fibres solubles jouent ce rôle, notamment celles présentes dans certaines céréales complètes, fruits, légumes et légumineuses (7)(8).

Pourquoi l’avoine est un allié majeur du microbiote

L’avoine est l’une des céréales les plus intéressantes pour soutenir le microbiote intestinal.

Elle est naturellement riche en fibres solubles, notamment les bêta-glucanes, qui possèdent un effet prébiotique documenté. Ces fibres sont fermentées par le microbiote et favorisent la production d’acides gras à chaîne courte, bénéfiques pour la muqueuse intestinale et la régulation métabolique (9)(10).

Les bêta-glucanes de l’avoine font également l’objet d’une allégation santé validée par l’EFSA concernant la réduction de la réponse glycémique post-prandiale, un facteur indirect mais clé de l’équilibre du microbiote (11)(12).

Intégrer régulièrement de l’avoine (porridge ou overnight oats) permet de nourrir le microbiote en douceur, sans agresser l’intestin.

Le microbiote commence dès le petit-déjeuner

Après le jeûne nocturne, le microbiote est particulièrement réceptif. Apporter des fibres dès le premier repas de la journée permet de :

• relancer l’activité fermentaire
• soutenir la régularité du transit
• stabiliser la glycémie
• améliorer la satiété

Un petit-déjeuner pauvre en fibres, à l’inverse, laisse le microbiote “à jeun” plus longtemps, ce qui peut accentuer certains déséquilibres.

Probiotiques : utiles, mais pas suffisants

Les probiotiques (bactéries vivantes) peuvent être intéressants dans certaines situations spécifiques : après une antibiothérapie, lors de troubles digestifs aigus ou de déséquilibres marqués.

Mais sans fibres prébiotiques pour les nourrir, leur effet reste souvent transitoire.
Le microbiote se reconstruit avant tout dans l’assiette, jour après jour.

Mode de vie et microbiote : au-delà de l’alimentation

L’alimentation est le pilier central, mais d’autres facteurs influencent aussi le microbiote :

• le stress chronique
• le manque de sommeil
• la sédentarité
• le manque d’exposition à la nature

Ces éléments modulent l’axe intestin-cerveau et peuvent altérer la composition bactérienne sur le long terme (13).

La vision LAVOINE

Chez LAVOINE, le microbiote est au cœur de la réflexion nutritionnelle. Des recettes riches en fibres prébiotiques, bien tolérées et pensées pour un quotidien réel permettent de soutenir durablement l’équilibre intestinal, sans rigidité ni dogme.

Le conseil de la nutrithérapeute LAVOINE

« On ne soigne pas le microbiote. On le nourrit. Et ce que l’on nourrit chaque jour devient ce qui nous soutient à long terme. »

Conclusion

Le microbiote intestinal est un acteur central de la santé, bien au-delà de la digestion.
Il influence l’immunité, la glycémie, l’humeur et le métabolisme, et dépend largement de nos choix alimentaires quotidiens.

En intégrant davantage de fibres, notamment via des aliments comme l’avoine, et en respectant le rythme du corps, il est possible de soutenir durablement cet écosystème vivant et, par extension, sa santé globale.

Sources scientifiques

(1) Koh A. et al. (2016). Role of short-chain fatty acids. Cell
(2) Canfora E.E. et al. (2015). Gut microbial metabolites and health. Nature Reviews Endocrinology
(3) Cryan J.F. et al. (2019). The microbiota-gut-brain axis. Physiological Reviews
(4) Valdes A.M. et al. (2018). Gut microbiota and cardiometabolic health. BMJ
(5) Sonnenburg J.L. & Bäckhed F. (2016). Diet-microbiota interactions. Cell
(6) David L.A. et al. (2014). Diet rapidly alters the gut microbiome. Nature
(7) Gibson G.R. et al. (2017). The concept of prebiotics. ISME Journal
(8) Holscher H.D. (2017). Dietary fiber and the gut microbiota. Gut Microbes
(9) Mathews R, Chu Y. (2025). An encompassing review of meta-analyses and systematic reviews of the effect of oats on all-cause mortality, cardiovascular risk, diabetes risk, body weight/adiposity and gut health.
(10) Junying Bai, Chuan Zhang, Jie Cui, Mingcong Fan, Yan Li, Linhua Huang, Li Wang. (2024). Analysis of the effect of oat β-glucan on gut microbiota and clarification of their interaction relationship. Journal of Cereal Science
(11) EFSA Journal (2011). Beta-glucans and post-prandial glycaemic response
(12) European Commission - EU Register of nutrition and health claims (bêta-glucanes d’avoine)
(13) Mayer E.A. et al. (2015). Gut-brain axis. Nature Reviews Neuroscience